Biochimica metabolica: ciclo di Krebs e metabolismo del glicogeno

Documento di Biochimica Metabolica, Ciclo di Krebs e Glicogeno. Il Pdf, utile per l'Università e la materia di Chimica, esplora i principi di energia, termodinamica e reazioni di ossidoriduzione, con un focus sul bilancio energetico e le funzioni anfiboliche del ciclo di Krebs.

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41 pagine

BIOCHIMICA METABOLICA
La biochimica è la chimica della vita e studia quei processi metabolici degli organismi viven con un
approccio molecolare.
Lelemento prevalente nei compos che costuiscono la materia vivente è il carbonio. Percil carbonio e
non un altro elemento?
Possiede esaamente la metà degli eleroni necessari a riempire i suoi orbitali di valenza
Non acquista o cede eleroni
Non dà origine a ioni
Forma facilmente quaro legami covalen
Consente la formazione di struure tridimensionali responsabili dellavità biologica
La proprietà che unisce H, O, C e N è proprio quella di essere in grado di formare legami covalen per la
condivisione di coppie di eleroni.
I sistemi viven sono avamente impegna nelle trasformazioni energeche.
Accenni di sica
Cosè lenergia?
È la capacità di un sistema di compiere un lavoro, e possiamo averne tre pologie:
1. Potenziale: energia disponibile per compiere un eventuale lavoro (es. lenergia che un corpo
possiede in virtù della sua posizione rispeo al suolo)
2. Cineca: associata al movimento delle molecole nella materia
3. Termica: è la forma più degradata di energia
Le molecole nelle cellule viven sono dotate di energia potenziale grazie allarrangiamento dei loro atomi
nello spazio. Perciò si parla di energia di legame chimico e si dice che lenergia è conservata” nei legami
covalen delle molecole. Il lavoro e, conseguentemente, lenergia, si compone di due grandezze:
1. Faore di intensità (che quanca la dierenza di potenziale)
2. Faore di capacità (che misura la quantà di materia trasformata)
Un sistema è in grado di seguire un lavoro se la materia di muove nella direzione di un gradiente di
potenziale (P); un processo decorre spontaneamente solo se cè una diminuzione dellenergia totale del
sistema
Primo principio della termodinamica: lenergia non p essere creata o distrua ma soltanto
trasformata
Secondo principio della termodinamica: se un sistema esoergonico può produrre lavoro, non tua
lenergia trasformata diventa lavoro; una parte dellenergia ricavata si disperde come entropia
Entropia: misura del disordine di un sistema (per reazioni spontanee) sistema aperto può solo aumentare
Le cellule obbediscono alle leggi della chimica e della sica; le cellule sono struure altamente organizzate e
rappresentano un sistema aperto che scambia energia e materia con lambiente esterno:
- Se il sistema-cellula diventa più ordinato= lentropia diminuisce
- Se lambiente esterno circostante diventa più disordinato= lentropia aumenta
Le macromolecole rappresentano il nutrimento cellulare (energia dei legami covalen) e
provocano reazioni cellulari (ossidazione dei nutrien che viene trasformata in energia)
che incrementano lordine all’interno della cellula. Una parte viene immessa soo forma di
calore (2° principio della termodinamica)
Calore: forma più disordinata di energia
Solo un processo non allequilibrio può produrre un lavoro ule: questo vuol dire che
lequilibrio per i sistemi viven rappresenta la ne delle avità.
In un composto chimico i legami si trovano ad in certo livello di potenziale chimico:
- La dierenza tra i potenziali chimici dei reagen e i potenziali chimici dei prodo
viene dea ENERGIA LIBERA (G)
Ogni reazione chimica ha una caraerisca variazione di energia libera standard G0a
temperatura e pressione standard, con tu i prodo e i reagen a concentrazione 1M e
pH 7.0
Reazione di ossidoriduzione
Sono quelle reazioni nelle quali i reagen si scambiano gli eleroni:
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1. Il componente più ricco di eleroni viene deo forma
RIDOTTA della sostanza
2. Il componente più povero di eleroni è la forma OSSIDATA
della sostanza
Si dice riducente la sostanza che cede eleroni, e si dice ossidante
la sostanza che acquista eleroni.
Come vengono trasferi gli eleroni nelle reazioni redox?
1. Sono trasferi direamente come eleroni:
o La coppia redox Fe 2+/Fe 3+può trasferire un
elerone alla coppia Cu+/Cu2+
2. Gli eleroni possono essere trasferi soo forma di atomi di idrogeno (H+e-)
Lossidazione e la riduzione riguardano importan trasportatori, cioè il NAD e il FAD
NADH (niconammide adenosina): è un coenzima che esiste nella sua forma ridoa (NADH) e nella
sua forma ossidata (NAD+). La sua reazione di
riduzione avviene sullanello niconammidico, dove
latomo di azoto perde la carica posiva presente
nella forma ossidata; la sua reazione di riduzione
produce NADH+H; la presenza del protone
aggiunvo acidica la soluzione: gli enzimi
deidrogenasi sono quelli che spostano e riarrangiano
la molecola; quindi, il NAD lega un elerone e un
protone (in realtà gli eleroni trasporta sono 2,
percva bilanciata la carica posiva del NADH+)
FAD (avina adenina dinucleode): è un
coenzima costuito da tre anelli condensa che
formano il gruppo della avina. Durante il processo
di riduzione, il FAD può acquistare no a due protoni
e due eleroni. Il primo di ques viene legato
allatomo di azoto dellanello che compone la avina.
La forma ossidata è il FAD, quella ridoa è il FADH
2
NAD e FAD devono però essere rigenera
Coenzima Q: riceve atomi di idrogeno sia dal FAD
che da un altro trasportatore.
Nella catena respiratoria gli eleroni vengono
trasferi dal NADH; Lacceore nale è lossigeno.
Gli eleroni si spostano secondo gradiente di potenziale, dal NADH allossigeno, e la loro variazione di
energia potenziale è data da:
Lossigeno ha un potenziale elerico fortemente
posivo ed è un ossidante per eccellenza
(quindi si riduce). Nel nostro organismo
vengono ossida e rido anche altri elemen,
come il rame e il ferro, presen nei citocromi
(della catena respiratoria)
NB: il ferro non viene ossidato nellemoglobina,
ma serve solo a legare lossigeno per
trasportarlo
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Anteprima

Processo di Beta-Ossidazione

l'elettrone che utilizzava per legare il carbonio a e lascia quest'ultimo con un elettrone libero. Questo viene usato per legare l'H proveniente dal gruppo SH; infatti, anche lo zolfo si trova con un legame in più (ne può formare 2 ma ne presenta 3) e deve quindi liberarsene. Si formano molecole di acetil-CoA

  1. La molecola di acido grasso viene accorciata e il processo si ripete finché non ne resta una con 2C, che, avendo già un CoA legato, non necessita della sua ulteriore aggiunta (è già un acetil-CoA)

Nel calcolo dei NADH e dei FADH2 bisogna quindi considerare che l'ultima molecola è un residuo

Resa del processo di Beta-Ossidazione

  • Numero di molecole di acetil-CoA ottenute: corrisponde alla metà dei C presenti nella catena dell'acido grasso di partenza (dipende dal tipo di acido grasso)
  • Numero di molecole di NADH e FADH2 ottenute: corrisponde alla metà dei C -1

I NADH e i FADH2, trovandosi già all'interno del mitocondrio, possono andare nella catena respiratoria (il FADH2 va sul coenzima Q). Prendendo per esempio un acido grasso a 16C il bilancio di ATP sarà:

  • Le molecole di acetil-CoA saranno la metà dei C, quindi 8; queste saranno ossidabili nel ciclo di Krebs, da cui si ottengono 3 NADH, 1 FADH2 e 1 ATP per ogni molecola di acetil-CoA; ogni NADH ci da 3 ATP, mentre il FADH2 ne dà 2, quindi avremo un guadagno di 12 ATP per ciclo di Krebs. Avendo a disposizione 8 molecole di acetil-CoA avremo 8x12=96 ATP
  • Le molecole di NADH sono 7 (metà dei C -1) x3=21 ATP
  • Le molecole di FADH2 sono 7 (metà dei C -1) x2=14 ATP

Il guadagno totale è di 131 ATP. È un processo molto lungo ma riesce a produrre grandi quantità di energia. Non viene utilizzato dalle fibre muscolari scheletriche che necessitano di energia immediata, ma dalle cellule muscolari cardiache. N.B. Il tutto avviene solo se ci troviamo in presenza di aerobiosi, altrimenti non sarebbe possibile ossidare. Questo però è ciò che accade quando abbiamo un acido grasso saturo e con un numero di C pari.

Intermedi della Beta-Ossidazione

B (C16)R-CH2-CH2-CH2-C -- S-CoA 0 Palmitoyl-CoA FAD acyl-CoA dehydrogenase FADH2 H R-CH2-C=C-C -- S-CoA H Ö trans-42- Enoyl-CoA H2O enoyl-CoA hydratase OH R-CH2-C-CH2-C -- S-CoA H O L-B-Hydroxy- acyl-CoA NAD+ B-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NADH + H R-CH2-C-CH2-C -- S-CoA O O acyl-CoA acetyltransferase (thiolase) (C14) R-CH2-C-S-CoA + CH3-C -- S-CoA =0 Ö (C14) Acyl-CoA (myristoyl-CoA) Acetyl -CoA

Resa ATP della Beta-Ossidazione

Il numero di atomi di carbonio degli intermedi della B-ossidazione 7 FADH2, ciascuno dei quali dá luogo alla formazione di 2 ATP nel corso dell'ossidazione da parte della catena di trasporto degli elettroni: resa = 14 ATP 7 NADH, ciascuno dei quali dà luogo alla formazione di 3 ATP nel corso dell'ossidazione da parte della catena di trasporto degli elettroni: resa = 21 ATP La conversione di ciascun acetil CoA in CO2 e H2O nel ciclo degli acidi tricarbossilici dà luogo alla formazione di 12 ATP: resa = 96 ATP C14 + CC > FADH2 NADH TCA Y C12 ccccc CCCCCC + CC - FADH2 - NADH TCA T C10 ccccccCCCC + CC FADH2 NADH TCA Ca cc CCCCCC + CC FADH2 - NADH TCA Ce CCCCCC + CC 12 ATP FADH2 - NADH TCA CA CCCC + CC 12 ATP OH O cc + CC C2 R-CH - CH2-C-S-CoA NADH 12 ATP 0 R-C-CH2-C-S-CoA O +CoA Acetil CoA 14 ATP 21 ATP 96 ATP A-C-S-CoA + CH3-C-S-COA Acetil CoA 131 ATP 12 ATP -FADH2 NADH TCA 12 ATP 12 ATP 12 ATP 12 ATP R-CH2-CH2-C-S- COA FADH2 O R-CH -CH-C-S-CoA H2O FADH2 + NADH TCA TCA 7 FADH 7 NADH B-Ketoacyl-CoA CoA-SH-

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