Introducción a Snomed CT: sistema de codificación clínica en Informática

Otros sistemas de codificación

CIE-O SNOMED CIAP NANDA

¿Qué es SNOMED CT?

• SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms) es la terminología clínica integral, multilingüe y codificada de mayor amplitud, precisión e importancia desarrollada en el mundo. SNOMED CT es, también, un producto terminológico que puede usarse para codificar, recuperar, comunicar y analizar datos clínicos permitiendo a los profesionales de la salud representar la información de forma adecuada, precisa e inequívoca. La terminología se constituye, de forma básica, por conceptos, descripciones y relaciones. Estos elementos tienen como fin representar con precisión información y conocimiento clínico en el ámbito de la asistencia sanitaria.
• SNOMED CT es un estándar internacional distribuido por la International Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO), organización a la pertenece España como miembro.

¿Qué es una terminología clínica?

Una terminología es "un conjunto de términos o vocablos de determinada profesión, ciencia o materia" según la Real Academia Española de la Lengua. Por lo tanto, podríamos decir que una terminología clínica es: "un conjunto de términos específicos relacionados con el ejercicio práctico de la medicina y fundamentados en la atención de la salud de los pacientes". Esta definición se podría completar añadiendo además que: "una terminología clínica es también un conjunto de términos estructurados y normalizados que busca servir de instrumento para el registro de datos clínicos, como base para posibles investigaciones o como medio de intercambio de información clínica entre profesionales para la atención de la salud de los pacientes".

¿Qué es la interoperabilidad semántica?

La interoperabilidad es la cualidad que permite que sistemas informáticos, que no fueron diseñados pare ello, reciban e integren información procedente de otros sistemas de forma comprensible, respetando el significado original; sin necesidad de intervención humana. La interoperabilidad semántica requiere; la normalización de los datos intercambiados y de su contexto para que puedan ser comprensibles e interpretados de igual manera por todos los participantes en el proceso de atención de la salud.

Introducción a SNOMED CT

• SNOMED CT responde a las siglas Nomenclatura Sistematizada de Términos Clínicos.
• SNOMED International es la organización que se encarga de mantener y distribuir SNOMED CT.
• Lanzan una nueva versión cada seis meses.
• Está considerada como la terminología más completa.
• Es escalable, es decir, ofrece la posibilidad de añadir conceptos nuevos de un modo consistente.
• Está traducida a varios idiomas: Inglés, Español, Danés, Holandés y Sueco.

Contenido de SNOMED CT

• El contenido de SNOMED CT está modelado/desarrollado por profesionales de la salud.
• Contiene extensiones locales que contienen conceptos nuevos.
• En España tenemos la extensión que desarrolla y mantiene el servicio de semántica del Servicio Nacional de Salud (SNS).

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Mapeos y uso de SNOMED CT

• SNOMED CT dispone de mapeos con otros estándares terminológicos como CIE 9, CIE 10 o LOINC
• Se usa en más de 50 paisés

Licencia de Afiliación de SNOMED CT

0.1 Licencia de Afiliación

• El uso de SNOMED CT esta condicionado a disponer de una Licencia de Afiliación.
• El proceso de obtención depende de donde se vaya a utilizar SNOMED CT. Si se trata de un país miembro (como España: https://www.snomed.org/our-customers/member/spain) entonces es posible descargar los ficheros de SNOMED CT directamente.
• En el caso de España pueden descargarse después de obtener una licencia del Ministerio de Sanidad, Consumo y Bienestar Social (https://snomed-ct.msssi.es/snomed-ct/solicitudLicencia.do)

Formato de fichero RF2 de SNOMED CT

0.2 El formato de fichero RF2

• SNOMED CT se distribuye a sus afiliados mediante una serie de ficheros descargables.
• El formato de fichero RF2 (Release Format 2) es el formato utilizado actualmente para representar el contenido de SNOMED CT.
• Estos ficheros contienen un conjunto de registros cuyos campos (columnas) están separados por tabuladores. Existen tres ficheros individuales con campos específicos para cada uno de los componentes de SNOMED CT: conceptos, descripciones y relaciones.

Distribuciones de SNOMED CT

0.2 El formato de fichero RF2

Las tres distribuciones que lanza SNOMED CT son:

• Full Release: contiene todas las versiones de todos los componentes hasta la fecha en forma de histórico, de modo que puede verse el estado de SNOMED CT en un momento concreto.
• Delta Release: contiene solo los cambios (creaciones y desactivaciones) respecto a la versión anterior.

Snapshot Release: contiene la versión más reciente de todos los componentes.

El Modelo Lógico de SNOMED CT

El modelo lógico de SNOMED CT define los componentes y la estructura que representan su contenido: conceptos, descripciones y relaciones.

ES UN/A ES UN/A 135875005 Concepto de SNOMED CT 123037004 Estructura corporal ES UN/A 410607006 Organismo 404684003 Hallazgo clinico ES UN/A ES UN/A 312342009 Neumonía infecciosa 39607008 Pulmón ES UN/A ES UN/A 363698007 Sitio hallazgo 53084003 Neumonía bacteriana 245075003 Agente causal 409822003 Bacteria Conceptos Relaciones Descripciones

Conceptos y descripciones en SNOMED CT

Un concepto de SNOMED CT es un identificador numérico que representa un significado clínico único. Por ejemplo, 277170006, 217082002, 31978002, 43706004 ... Una descripción es un texto que se asigna a un concepto para ser legible por el ser humano. Por ejemplo, 277170006 |edema de conducto auditivo |, 217082002 | caída accidental | ... Cada concepto tiene asignada una descripción completa (i.e. Fully Specified Name - FSN) y varios sinónimos (uno preferido y el resto, aceptables). Asimismo, las propias descripciones también tienen un identificador asociado.

Ejemplo de descripción de concepto

Identificador de Concepto Descripción Tipo de descripción Aceptabilidad (conjunto de referencias de lenguaje castellano para América Latina) infarto de miocardio (trastorno) Descripción completa (FSN) infarto de miocardio infarto cardíaco Preferido 22298006 IM - infarto de miocardio Aceptable ataque al corazón infarto miocárdico IM Sinónimo

Relaciones en SNOMED CT

• Una relación es una asociación entre dos conceptos.
• Hay dos tipos: de subtipo (i.e. es un/una) y de atributo.
• La relación es un/una define jerarquías, especializaciones.
• En SNOMED CT un concepto puede ser especialización de más de uno (i.e. polijerarquías).
• Hablamos de concepto padre y concepto hijo.
• Cuanto más profundo esté un concepto en una jerarquía, mayor será su nivel de granularidad o detalle.
• Cuanto más alto este un concepto en la jerarquía, será un concepto más general o agrupador.

Relaciones de atributo en SNOMED CT

Las relaciones de atributo sirven para definir un concepto. Hay 40 tipos de atributos aproximadamente. Por ejemplo, lateralidad, severidad, tiene como principio activo a, prioridad ...

385627004 Celulitis 118932009 Trastorno de pie es un/una| | es un/una | les un/una | | es un/una| 62837005 Celulitis de mano 128276007 Celulitis de pie 95345008 Úlcera de pie

Definición Lógica de un concepto en SNOMED CT

1.1 Definición Lógica de un concepto

• En SNOMED CT los conceptos tienen asociados una definición lógica, formada por sus relaciones de subtipo y sus relaciones de atributo.
• Ejemplo: definición lógica del concepto "absceso del corazón":

42522007 absceso de mediastino (trastorno) 128998007 trastorno inflamatorio del sistema cardiovascular (trastorno) 128599005 trastorno estructural del corazón (trastorno) les un/una | les un/una| les un/una] 44132006 absceso (anomalía morfológica) Į morfología asociada| 425548001 absceso de corazón (trastorno) | sitio del hallazgo| 80891009 estructura del corazón (estructura corporal) Grupo

Estructura interna de SNOMED CT

1.2 Estructura interna de SNOMED CT

• La estructura de SNOMED CT es la de un grafo. Concretamente se trata de un grafo dirigido y acíclico.

Grafo no dirigido y cíclico Grafo no dirigido y acíclico Grafo dirigido y acíclico

• SNOMED CT se compone de 19 jerarquías principales o de alto nivel (i.e. top level hierarchies), entre ellas: procedimientos, hallazgos clínicos, organismos, sustancias, estructuras corporales, etc.

Jerarquías de SNOMED CT

1.2 Estructura interna de SNOMED CT

Raíz de SNOMED CT Conceptos de alto nivel K ... Jerarquía Hallazgos clínicos Jerarquía Eventos Jerarquía Organismos Jerarquía Sustancias Jerarquía Jerarquía Jerarquía Procedimientos Objetos físicos Estructura corporal Es un/una - Atributos

Componentes del Modelo Lógico de SNOMED CT

1.2 Estructura interna de SNOMED CT

• SNOMED CT contiene más de 300.000 conceptos activos y más de un millón y medio de relaciones.

Modelo lógico Raiz de SNOMED CT Conceptos Conceptos de altonivel 205237003 Ineumonitis Descripciones ES_UNA SITIO HALLAZGO 233604007 Įneumonía] 39607008 Įpulmón| Grafo dirigido acíclico Jerarquías Relaciones (es un/a y atributos)

Conceptos primitivos y totalmente definidos en SNOMED CT

2. Conceptos primitivos y conceptos totalmente definidos

• Atendiendo a su nivel de definición (i.e. a sus características definitorias), existen dos tipos de conceptos en SNOMED CT: los conceptos primitivos y los conceptos totalmente definidos.
• Un concepto es totalmente definido si sus características definitorias son suficientes para distinguir su significado de otros conceptos similares.
• Por ejemplo, esta es la definición lógica del concepto 2704003 | enfermedad aguda |, que es totalmente definido:

Descendencia de conceptos en SNOMED CT

2. Conceptos primitivos y conceptos totalmente definidos

• Cualquier concepto de SNOMED CT que incluya estas relaciones en su definición lógica será un descendiente (i.e. subtipo) de 2704003 | enfermedad aguda | .

2704003 enfermedad aguda (trastorno) = 64572001 enfermedad (trastorno) 263502005 curso clínico (atributo) 424124008 comienzo brusco Y/O breve duración (calificador) 20