Classificazione degli esseri viventi in tre domini principali

Classificazione degli esseri viventi

Classificazione degli esseri viventi in 3 domini: EUKARYA ARCHEA BACTERIA

Bacteria

BACTERIA Eukaria originati per endosimbiosi attraverso la fusione di un archaea e un eubacterio, divenentandone il nucleo e il citoplasma. L'antenato degli eucarioti si è discostato anticipatamente da archaea. Mitochondnon Planetomyces Gavob marine low ferno. Archaeoglobus Hatolerax Methenaspir Juin M Marine Gp. flow 3 Backtus ASL 12 Heliobacterkim" PSL 22 Arthobacter Gp. 3 low temp Solfilobus Chlorofloxas Themmu's otoga Root DSL The Aquilex pJP 78 Homo Coprinus Zea Cryptomonas Achiya 0,1 changes per site Gostaria Porphyta Paramecium u eisages EUCARYA Naegleria Euglena® Trypanosoma. -Eniep nás itozoon Pace 1997 ARCHAEA Estherchia Rhodocyclus Chloroplast Synechococcus Dosultoriono Agrobaciınıum and Flexibacter Methano Chlamydia Globobacte M Chidrobiurt Leplonemit Gp. tlow temp Gp. 2 low temp POPS19 Pyrodictium 50 Theiniotilum PS68 -engsarum ThermoplasmaARCHAEA

Caratteristiche degli Archaea

Procarioti. Molto variabili da un punto di vista morfologico. Trascrizione e traduzione in archaea assomigliano agli analoghi processi negli eucarioti più che nei batteri, con la archaea-RNA polimerasi e i ribosomi molto vicino ai loro equivalenti negli eucarioti. Archaea hanno un solo tipo di RNA polimerasi, con struttura e funzione simile alla RNA polimerasi II degli eucarioti, con i fattori di trascrizione generali a dirigere il legame della RNA polimerasi al promotore di un gene. La modifica post-trascrizionale è più semplice di quanto lo sia negli eucarioti, poiché la maggior parte dei geni archaea non hanno introni, anche se ci sono molti introni nei geni per t-RNA e r-RNA, e gli introni possono osservarsi in alcuni geni che codificano proteine.

Phylum degli Archaea

• In base all'analisi del DNA, gli archaea sono raggruppati in 4 phylum: Crenarchaeota: comprendono soprattutto microrganismi termofili
• Euryarchaeota: comprendono i i metanoproduttori e gli alofili.
• Korarchaeota: conosciuti solo da campionamenti ambientali, mai isolati in coltura.
• Nanoarchaeota: phylum creato come tentativo per descrivere alcune specie peculiari come la Nanoarchea equitans.BACTERIA

Albero 16S rRNA dei Batteri

16S rRNA Tree (Photosynthetic phyla are shown in color) "Acidobacteriae" Cyanobacteria "Spirochaetes" "Nitrospirae" Fibrobacteres" "Deferribacteres" "Chlamydiae" "Fusobacteria" "Verrucomicrobia" "Planctomycetes" "Chlorobi" "Actinobacteria" "Firmicutes" "Bacteroidetes" "Chloroflexi" "Deinococcus-Thermus" "Dictyoglomi" "Aquificae" "Thermotogae" 10% "Proteobacteria" Modified from: Ludwig. W. and Klenk.H .- P. (2001) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Organismi molto diversi da un punto di vista morfologico e metabolico diffusi in tutti gli ambienti.BACTERIA

Morfologia dei Batteri

Coccl Others COCCUS diplococci diplococci encapsulated Staphy lococci anlargad rod Fazakacbrim vibrio streptococci zarcina ba brad Comma's form Bacilli coccobacilluz. bacillus dub Rod Cruskacbirlicsas Helical form Hskskacbr ışın Corkacram 's form DC Strapbobacilli Budding and appendaged bacterla hypha stalk Filamentous spirochabs Classificati in passato principalmente in base alla forma, dimensioni e colorazione di Gram (Gram + e Gram -). diplobacilli 0000 palizadez.EUKARYA

Caratteristiche strutturali, processi e geni/proteine degli Eucarioti

TABLE 1. Structural Features, Processes, and Genes/Proteins that are possessed by all eukaryotes or were possessed by their ancestors and lost through simplification. From Roger (1999). STRUCTURAL FEATURES (Ultrastructure): · Nucleus · Nuclear pores · Endoplasmic reticulum · 9+2 flagellar apparatus · mitotic spindle · acidified vacuoles · golgi apparatus · multiple linear chromosomes PROCESSES (Ultrastructure and physiology) · mitosis · meiotic sex endocytosis · endosymbiosis · mitochondrial respiration GENES/PROTEINS (Molecular biology and physiology) · alpha and beta tubulins · actin · dyneins · centrin · alpha actinin . tropomyosin myosin . kinesins . annexins · RNA pol I, II, III · Alpha, delta, and epsilon DNA pol · Bip/cystosolic hsp70 Beta, epsilon, and nu Tcp-1 chaperonins . CDC2/28 . PRP8 . Calmodulin . Ubiquitin · Histones H3 and H4 · Eukaryotic telomeresdelle classificazioni i supergruppi poi possono aumentare.

Supergruppi del dominio Eukarya

Il dominio EUKARYA viene oggigiorno diviso in almeno 5 SUPERGRUPPI. A seconda Diplomonads Parabasalids Euglenozoans Dinoflagellates Apicomplexans Ciliates Chromalveolata Stramenopiles Golden algae Brown algae Oomycetes Chlorarachniophytes Forams Rhizaria Radiolarians Red algae algae Green Chlorophytes Charophyceans Land plants Archaeplastida Amoebozoans Opisthokonts Slime molds Gymnamoebas Entamoebas Nucleariids Unikonta Fungi Choanoflagellates Animals EUKARYA Excavata Alveolates DiatomsEUKARYA

Classificazioni alternative degli Eucarioti

Le classificazioni cambiano da un autore all'altro. In questo caso sono identificati 6 supergruppi. Domain Bacteria Bacteria Domain Archaea Archaea -Excavata - Various flagellate protozoa -Amoebozoa - most lobose amoeboids and slime moulds life -Opisthokonta - animals, fungi, choanoflagellates, etc. Domain Eukarya -Rhizaria - Foraminifera, Radiolaria, and various other amoeboid protozoa -Chromalveolata - Stramenopiles (or Heterokonta), Haptophyta, Cryptophyta (or cryptomonads), and Alveolata Archaeplastida (or Primoplantae) - Land plants, green algae, red algae, and glaucophytesEUKARYA

Regni degli Eucarioti

Kingdoms Animalia - Animals Fungi Amoebozoa Plantae - Plants Chromalveolata Rhizaria Excavata Alternative phylogeny · Unikonta · Opisthokonta · Metazoa (animals) · Mesomycetozoa · Choanozoa · Eumycota (fungi) · Amoebozoa · Bikonta · Apusozoa · Rhizaria · Excavata · Archaeplastida (plants, broadly defined) · ChromalveolataSecondo Kelling (2004) gli Eucarioti sono divisi in 5 Supergruppi, 4 dei quali contengono più Regni al loro interno. Nel complesso sarebbero riconoscibili 11 Regni di eucarioti di cui uno (Eukaryomonadae) è probabilmente un raggruppamento artificiale.

Classificazione di Kelling (2004)

TABLE 1. Higher-Level Classification of the Eukaryota, which includes the eukaryotic supergroups and their kingdoms with representative higher taxa. SUPERGROUP KINGDOM REPRESENTATIVE TAXA ANIMALIA METAZOA, MYXOZOA, CHOANOZOA, NUCLEARIID AMOEBAE, ICHTHYOSPORIDS. FUNGI FUNGI, CHYTRIDS, MICROSPORIDS. AMOEBOZOAE PELOBIONTS, PROTOSTELID SLIME MOLDS, PLASMODIAL SLIME MOLDS, DICTYOSTELID SLIME MOLDS, LOBOSE AMOEBAS, APUSOZOA? EUEXCAVATAE DIPLOMONADS, PARABASALIDS, RETORTOMONADS, OXYMONADS, JAKOBODS? EXCAVATA DISCICRISTATAE EUGLENOIDS, TRYPANOSOMES + LEISHMANIAS, VAHLKAMPHID AMOEBAS, ACRASID SLIME MOLDS. HETEROKONTAE ALL HETEROKONTAE (ALSO CALLED STRAMENOPILES), ACTINOPHRYDIAN HELIOZOANS. CHROMALVEOLATA EUKARYOMONADAE HAPTOMONADS, CRYPTOMONADS, CENTROHELID HELIOZOANS. ALVEOLATAE DINOFLAGELLATES, CILIATES, APICOMPLEXANS. RHIZARIA CERCOZOAE RADIOLARIANS, EUGLIPHID AMOEBAS, FORAMINIFERANS, CERCOMONADS, CHLORARACHNIOPHYTES, PLASMODIOPHORIDS, HAPLOSPORIDS. GREEN ALGAE, EMBRYOPHYTES PLANTA VIRIDIPLANTAE RHODOPHYTAE RED ALGAE, GLAUCOPHYTES UNIKONTASUPERGROUP UNIKONTA/ BIKONTS

Supergruppi Unikonta e Bikonta

Il super group UNIKONTA raggruppa organismi caratterizzati dalla presenza di un flagello liscio posteriore nelle cellule mobili (OPISTHOKONTI = Animali + Funghi) che hanno come sister group cellule ameboidali. Altre caratteristiche comuni sono: · le creste mitocondriali appiattite · fusione di 3 geni che codificano per i nucletidi pirimidinici:carbamoyl phosphate synthase, dihydroorotase, aspartate carbamoyltransferase. Il super group BIKONTA raggruppa organismi caratterizzati dalla presenza di 2 flagelli lisci e o piumosi (HETEROKONTI). Altre caratteristiche comuni sono: · fusione di 2 geni che codificano per la thymidylate synthase (TS) e la dihydrofolate reductase (DHFR).bikonts (ancestrally biciliate eukaryotes) unikonts corticates CABOZOA chromalveolates Kingdom ANIMALIA Kingdom FUNGI Discicristata Euglenozoa Percolozoa Kingdom CHROMISTA Chromobiota Choanozoa Excavata Heterokonta Haptophyta Hellozoa Metamonada parallel centrioles ? tetrakonty plastid inside RER; tubular ciliary hairs opisthokonts Malawimonadea Loukozoa * Jakobea Alveolata Ciliophora Miozoa - EF1- alpha insertion posterior cillum; flat mitochondrial cristae ciliary vanes + groove Kingdom PLANTAE Viridaeplantae (green plants) replacement of plastid GAPDH Amoebozoa ® amoeboid locomotion polyubiquitin insertion Rhodophyta Glaucophyta phosphofructokinase internal duplication Apusozoa Thecomonadea CHLOROPLAST cortical alveoli Diphyllatea 100 triple pyrimidine biosynthesis fusion gene DHFR-TS fusion gene ciliary transformation - MITOCHONDRION tubular mitochondrial cristae ancestral heterotrophic uniciliate and unicentriolar eukaryote Fig. 1. The eukaryotic phylogenetic tree based on a synthesis of ultrastructural, cell biological and molecular evi- dence, showing the four major symbiogenetic events. Taxa outside the four derived kingdoms belong to the basal kingdom Protozoa (unlabelled). The ancestral eukaryote is held to have been a phagotrophic uniciliate, unicentrio- lar aerobic zooflagellate that arose from a neomuran bacterial ancestor by the simultaneous origin of the cytoskele- ton, endomembrane system, nucleus, and cilium, coupled with the overlapping symbiogenetic origin of mitochon- dria from an intracellular a-proteobacterium (Cavalier-Smith 2000b, 2002). Unikonts are ancestrally heterotrophic if chloroplasts arose symbiogenetically in an early bikont, as is almost certain. Chromalveolates are holophyletic, ancestrally photophagotrophic, and evolved by the single enslavement of a red alga ® by a bikont host to form a eu- karyote-eukaryote chimaera. There are almost equally strong protein-targeting arguments for the single secondary origin of the cabozoan chloroplast (G) in a common ancestor of Cercozoa and Euglenozoa (Cavalier-Smith 1999). but the idea remains controversial as compelling sequence evidence is unavailable to disprove the alternative possi- bility that euglenoid and chlorarachnean plastids were separately implanted as shown by the asterisks. Whether Apusozoa are really ancestrally heterotrophic, early divergent bikonts, as shown, is also uncertain. It is unclear whether the duplication within phosphofructokinase is a synapomorphy for unikonts or its loss one for bikonts (Stechmann and Cavalier-Smith 2003a). Rhizaria * Cercozoa Retaria G receptor tyrosine - kinases Cryptista