Microbiologia Clinica: Diagnostica, resistenze microbiche e infezioni urogenitali

Introduzione e Programma del Corso

Corso di Microbiologia Clinica, parte del modulo di Diagnostica Medica. La durata del corso è di 8 ore, volte a dare le indicazioni su come interpretare la diagnostica microbiologica. Il corso non è volto alla mera trasmissione di quelle nozioni che si possono trovare sui libri (lo scorso semestre si è già affrontato un corso di diagnostica microbiologica), ma il compito di questo corso è quello di recuperare le informazioni acquisite nel corso di base per passare all'applicazione sul campo, sull'individuo con sintomatologia. Tuttavia, questo non sarà un corso di clinica e non si andranno quindi a valutare i sintomi, perchè il vero interesse della diagnostica microbiologica è la scelta del campione da prelevare per l'indagine di laboratorio sulla base dei sintomi. É importante dare delle indicazioni al laboratorio, ma soprattutto essere in grado di interpretarne il referto, ciò che è stato trovato. Su Dir sono disponibili le diapositive del corso, insieme a quelle commentate con l'audio (fatte in epoca Covid), a lezione non verranno viste tutte (è importante vederle comunque in autonomia).

Programma del Corso di Microbiologia Clinica

Il corso prevede il seguente programma:

• introduzione del corso (programma ed esame)
• principi generali di diagnostica microbiologica
• valutazione delle resistenze microbiche e implicazioni cliniche
• identificazione delle infezioni virali e batteriche in fase acuta nel distretto respiratorio e gastroenterico
• valutazione delle infezioni virali nel sangue in fase acuta e cronica
• identificazione delle infezioni batteriche del sistema nervoso centrale
• indagini microbiologiche nel distretto genito-urinario e in gravidanza.

Verrà svolta una parte introduttiva sui principi generali di diagnostica, poi è presente un file che parla delle resistenze microbiche che non sarà commentato; verranno invece commentati gli apparati, in quanto per l'indagine microbiologica si parte dai sintomi, che quasi sempre si localizzano in un distretto. Quindi sia il tipo di campione che ciò che bisognerebbe aspettarsi dalle indagini cambia a seconda del distretto. Non si può sempre cercare tutto, perché il mondo microbico è enorme e comprende batteri, virus, funghi e protozoi; sarebbe dunque impensabile cercarli sempre tutti. Ci sono approcci che servono ad identificare la maggior parte dei batteri, ma tendenzialmente una buona indagine microbiologica viene già fatta con dei sospetti diagnostici, indicando cosa ricercare nelle analisi. Si parlerà di distretto respiratorio, gastroenterico, infezioni nel sangue, infezioni del SNC, di infezioni del sistema genito-urinario e in gravidanza.

Testi Consigliati per il Corso

I testi consigliati sono gli stessi del corso precedente:

• Microbiologia Medica (Brooks, Butel, Morse; 23° edizione)
• Fondamenti di Microbiologia Medica (La Placa; 10° edizione)
• Microbiologia Medica (Murray, Rosenthal, Pfaller; 5º edizione)
• Sherris, Microbiologia Medica(Ryan, Ray; 5º edizione)
• Fondamenti di Microbiologia Medica (Antonelli, Clementi, Pozzi, Rossolini)

E' consigliato seguire le diapositive, ascoltare quelle parlate e fare mente locale, cercando di capire cosa ci si dovrebbe aspettare di trovare in un determinato distretto o sulla base di determinati sintomi, come cercarlo e come interpretare il risultato.

Modalità d'Esame

1L'esame è solo scritto, comprende tutti e 3 i moduli. L'esame è online, ma verrà effettuato in sede col computer su Dir. Per quanto riguarda la parte di microbiologia, la prova si compone di 5 domande libere a risposta aperta, dove si deve rispondere in poche righe perché il tempo a disposizione è di circa 1 ora. I 3 moduli vengono valutati insieme e non passarne uno vuol dire non passare l'esame. Le domande sono abbastanza focalizzate e necessitano di una risposta sintetica ed esaustiva.

Esempi di Domande d'Esame

Esempi di domande:

1. Qual è l'esame (indicare prelievo e tecnica microbiologica) che viene usato per identificare le Salmonelle?
2. Quale prelievo e successiva indagine deve essere eseguito per identificare la presenza di infezione da HPV16 a livello genitale?
3. In che cosa consiste il test di qualità/rappresentatività dell'espettorato?

Il Campione Microbiologico

Scelta e Qualità del Campione Microbiologico

La diagnostica microbiologica si differenzia da tanti altri tipi di diagnostica perchè è totalmente basata sul campione microbiologico che viene utilizzato, il quale può essere molto diverso a seconda dell'infezione. Ad esempio, volendo valutare la concentrazione biologica di emoglobina, non è necessario pensare al tipo di campione, perché sarà sempre (ovviamente) sangue. Invece, se si deve valutare la presenza di un agente infettivo, non esiste un campione biologico standard, ma dipende totalmente dalla sede dell'infezione. Non è possibile stilare una lista associando un campione biologico ad un certo tipo di analisi microbiologica, perché potenzialmente si potrebbe usare qualunque tipo di campionamento biologico (incluso il prelievo bioptico dai tessuti o il prelievo chirurgico). Quindi si può scegliere tra qualunque tipo di campionamento biologico, di qualunque entità, anche solo tamponamenti per prendere l'essudato delle mucose e su questo valutare la presenza del virus (come visto per Sars-Cov-2, in cui si effettuava un tampone nell'orofaringe/rinofaringe perchè il virus infetta le alte vie respiratorie). Non esiste un formato standard di campionamento biologico; questo è il primo concetto fondamentale della microbiologia clinica. Ipoteticamente si potrebbe cercare il microrganismo da qualunque parte, ma è il medico a dover scegliere il tipo di campionamento. Se si sbaglia il campionamento, l'indagine microbiologica è già fallita. Se la ricerca non porta a risultati è quindi impossibile fare una diagnosi, perché i sintomi delle malattie infettive non sempre sono distinguibili da altri sintomi che non hanno nulla a che vedere con esse. La correttezza del tipo di campionamento permette di trovare qualcosa con un significato clinico, ovvero associabile ai sintomi in corso; in questo modo è possibile fare una diagnosi e successivamente impostare una terapia antimicrobica specifica. Dato che fare la diagnosi è fondamentale, lo è anche fare la giusta scelta del campione.

Microbioma e Campionamento

Nel prendere un campione è importante ricordare che ogni individuo presenta un microbioma: non è infatti possibile effettuare un campionamento sterile partendo da tutti quei siti in cui esso è presente (ovvero tutti i siti a contatto con l'esterno). Ogni volta che si effettua un prelievo a livello della cute, dell'intestino, delle alte vie respiratorie e a livello genito-urinario si sa che inevitabilmente si viene a contatto anche con il microbiota (siti non sterili). Questo è il motivo per cui, quando si fanno delle analisi, si coltivano i batteri su dei terreni selettivi, che permettono la crescita di alcuni batteri e inibiscono quella di altri, sapendo che il campionamento è massicciamente contaminato dal microbioma. Se si riscontrassero dei microrganismi del microbioma a seguito di campionamenti sterili sarebbe un problema, perché significherebbe che quella carica batterica individuata non è semplicemente dovuta alla contaminazione con microbioma nel sito di campionamento, ma che quel microrganismo potrebbe essere responsabile della patologia in corso.

2Se il campione preso è sterile, preso quindi da un sito sterile come il liquor o come tutti i campionamenti bioptici effettuati in profondità e in cui la cute viene disinfettata, tutto ciò che si trova nel campione è clinicamente significativo. C'è molto ragionamento nella diagnostica microbiologica, non è una "diagnostica dei numeri" in cui si valutano parametri all'interno di un range, ma c'è estrema variabilità e partecipazione del medico nella scelta del tipo di campionamento e del momento in cui effettuarlo. L'andamento della carica microbica nel corso di un'infezione acuta è alto nelle fasi che corrispondono al picco di replicazione di quel microrganismo, ma poi tende a scendere. Bisogna cercare di fare il campionamento al picco massimo di carica microbica, soprattutto se si cerca un microrganismo nel sangue (essendo diluito in 5L, lo si trova solo al picco massimo della carica microbica). Se si fa il prelievo e non si trova nulla, non si può comunque considerare il paziente negativo, soprattutto se continua ad avere febbre e sintomi di un'infezione sistemica. È bene rifare il prelievo quando il paziente ha il picco febbrile, perché è quello il momento in cui la carica microbica prevista è più alta. Un concetto importante da ricordare è quindi che il campionamento microbiologico può essere ripetuto n-volte, perché ripeterlo può servire a trovare quello che non è stato trovato prima o a confermare quello che era stato già trovato in precedenza.

Siti Corporei e Flora Microbica

Dalle slide: Siti corporei normalmente sterili:

• Sangue e midollo osseo
• Fluido cerebrospinale (LCR)
• Fluidi sierosi
• Tessuti profondi
• Tratto respiratorio inferiore
• Urine (se il campione è stato raccolto correttamente)

Siti corporei con flora commensale normale (abitati da microbiota):

• Bocca, naso e tratto respiratorio superiore
• Cute
• Tratto gastrointestinale
• Tratto genitale femminile
• Uretra

Nella slide a lato sono illustrati i principali microrganismi che si trovano nelle varie sedi anatomiche con il microbioma. Questo schema è importante perché aiuta a capire quali sono le specie microbiche che si trovano facilmente in quella sede di microbioma e che, di conseguenza, potrebbero non avere significato clinico se ritrovate nel campione. Non è detto che il microbioma non sia mai responsabile: non dà problemi quando è autocompensato, cioè se presenta un giusto equilibrio di sviluppo delle varie forme microbiche. Tuttavia, se c'è un'alterazione del microbioma in cui una popolazione diventa più preponderante delle altre o si va a localizzare in una sede in cui normalmente non è presente, può diventare agente infettivo. Lo stato di compensazione è alla base del benessere dell'individuo. L'alterazione del microbioma si chiama disbiosi ed è una condizione che genera patologia infiammatoria e malattia infettiva.

Microrganismi Comuni per Sede Anatomica

Cute

1. Staphylococcus epidermidis
2. Staphylococcus aureus (in piccola quantità)
3. Micrococcus specie
4. Neisseria specie (non patogene)
5. Streptococchi alfa-emolitici e anemolitici
6. Difteroidi
7. Propionibacterium specie
8. Peptostreptococcus specie
9. Piccole quantità di altri microrganismi (Candida specie, Acinetobacter specie, ecc.)

Nasofaringe

1. Un certo numero dei seguenti microrganismi: difteroidi, Neisseria specie non patogene, streptococchi alfa-emolitici; S epidermidis: streptococchi anemolitici; anaerobi (troppe specie per elencarle tutte: quantità variabili di Prevotella specie, cocchi anaerobi, difteroidi, Fusobacterium specie, ecc.)
2. Quantità minori dei seguenti microrganismi quando accompagnati da quelli elencati precedentemente: lieviti, Haemophilus specie: pneumococchi, S aureus, bacilli gram- negativi. Neisseria meningitidis

Tratto gastrointestinale e retto

1. Varie Enterobacteriaceae, eccetto Salmonella. Shigella, Yersinia, Vibrio e Campilobacter specie
2. Bacilli gram-negativi non fermentanti il destrosio
3. Enterocococchi
4. S epidermidis
5. Streptococchi alfa-emolitici e anemolitici
6. Difteroidi
7. S aureus in piccola quantità
8. Lieviti in piccola quantità
9. Anaerobi in gran numero (troppi per elencarli tutti)

Genitali

1. Un certo numero dei seguenti microrganismi: Corynebacterium specie, Lactobacillus specie, streptococchi alfa-emolitici e anemolitici, Neisseria specie non patogene
2. I seguenti microrganismi quando misti e non predominanti: enterococchi, Enterobacteriaceae, e altri bacilli gram- negativi. S epidermidis, Candida albicans e altri lieviti
3. Anaerobi ( troppi per poter elencarli tutti); i seguenti microrganismi possono essere importanti quando isolati in coltura pura o chiaramente predominanti: Prevotella, Clostridium, e Peptostreptococcus specie

3